MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_FPR3757 plasmid pUSA02

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007791	GTTTA	2	10	38	47	20 %	60 %	20 %	0 %	87159845
2	NC_007791	TA	3	6	46	51	50 %	50 %	0 %	0 %	87159845
3	NC_007791	A	6	6	51	56	100 %	0 %	0 %	0 %	87159845
4	NC_007791	GTTT	2	8	64	71	0 %	75 %	25 %	0 %	87159845
5	NC_007791	T	6	6	105	110	0 %	100 %	0 %	0 %	87159845
6	NC_007791	AAATG	2	10	119	128	60 %	20 %	20 %	0 %	87159845
7	NC_007791	TAC	2	6	170	175	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	87159845
8	NC_007791	AT	3	6	206	211	50 %	50 %	0 %	0 %	87159845
9	NC_007791	CAG	2	6	232	237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	87159845
10	NC_007791	TA	3	6	258	263	50 %	50 %	0 %	0 %	87159845
11	NC_007791	A	7	7	269	275	100 %	0 %	0 %	0 %	87159845
12	NC_007791	ATT	2	6	282	287	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159845
13	NC_007791	ATTG	2	8	314	321	25 %	50 %	25 %	0 %	87159845
14	NC_007791	T	6	6	342	347	0 %	100 %	0 %	0 %	87159845
15	NC_007791	CTG	2	6	385	390	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	87159845
16	NC_007791	TGG	2	6	409	414	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	87159845
17	NC_007791	A	7	7	437	443	100 %	0 %	0 %	0 %	87159845
18	NC_007791	AAT	2	6	515	520	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159845
19	NC_007791	TTA	2	6	589	594	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159845
20	NC_007791	CAA	2	6	616	621	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	87159845
21	NC_007791	A	6	6	620	625	100 %	0 %	0 %	0 %	87159845
22	NC_007791	TAT	2	6	665	670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159845
23	NC_007791	T	6	6	707	712	0 %	100 %	0 %	0 %	87159845
24	NC_007791	T	6	6	729	734	0 %	100 %	0 %	0 %	87159845
25	NC_007791	TTA	2	6	742	747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159845
26	NC_007791	TTA	2	6	775	780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159845
27	NC_007791	GTTT	2	8	817	824	0 %	75 %	25 %	0 %	87159845
28	NC_007791	TGG	2	6	827	832	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	87159845
29	NC_007791	TAG	2	6	847	852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159845
30	NC_007791	ATG	2	6	879	884	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159845
31	NC_007791	TGG	2	6	971	976	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	87159845
32	NC_007791	T	6	6	977	982	0 %	100 %	0 %	0 %	87159845
33	NC_007791	ATT	2	6	1001	1006	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159845
34	NC_007791	TTTTA	2	10	1010	1019	20 %	80 %	0 %	0 %	87159845
35	NC_007791	T	6	6	1043	1048	0 %	100 %	0 %	0 %	87159845
36	NC_007791	T	6	6	1059	1064	0 %	100 %	0 %	0 %	87159845
37	NC_007791	ACT	2	6	1086	1091	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	87159845
38	NC_007791	AGT	2	6	1158	1163	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159845
39	NC_007791	GAA	3	9	1170	1178	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	87159845
40	NC_007791	T	6	6	1214	1219	0 %	100 %	0 %	0 %	87159845
41	NC_007791	AGG	2	6	1247	1252	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	87159845
42	NC_007791	ATT	2	6	1303	1308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159845
43	NC_007791	TTA	2	6	1351	1356	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159845
44	NC_007791	TGT	2	6	1362	1367	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	87159845
45	NC_007791	ATT	2	6	1377	1382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159845
46	NC_007791	TTATA	2	10	1416	1425	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007791	T	6	6	1467	1472	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007791	TTA	2	6	1522	1527	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007791	GT	3	6	1540	1545	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007791	ATA	2	6	1683	1688	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159846
51	NC_007791	ACTT	2	8	1721	1728	25 %	50 %	0 %	25 %	87159846
52	NC_007791	TAA	2	6	1750	1755	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159846
53	NC_007791	TAA	2	6	1765	1770	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159846
54	NC_007791	TTGA	2	8	1772	1779	25 %	50 %	25 %	0 %	87159846
55	NC_007791	A	6	6	1782	1787	100 %	0 %	0 %	0 %	87159846
56	NC_007791	AGA	2	6	1891	1896	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	87159846
57	NC_007791	T	6	6	1907	1912	0 %	100 %	0 %	0 %	87159846
58	NC_007791	TAT	2	6	1959	1964	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159846
59	NC_007791	A	6	6	1986	1991	100 %	0 %	0 %	0 %	87159846
60	NC_007791	CAC	2	6	1992	1997	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	87159846
61	NC_007791	GTT	2	6	2012	2017	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	87159846
62	NC_007791	TGA	2	6	2026	2031	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159846
63	NC_007791	AAG	2	6	2049	2054	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	87159846
64	NC_007791	TAA	2	6	2062	2067	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159846
65	NC_007791	A	6	6	2066	2071	100 %	0 %	0 %	0 %	87159846
66	NC_007791	AGAT	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	87159846
67	NC_007791	AAC	2	6	2112	2117	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	87159846
68	NC_007791	A	6	6	2193	2198	100 %	0 %	0 %	0 %	87159846
69	NC_007791	A	6	6	2235	2240	100 %	0 %	0 %	0 %	87159846
70	NC_007791	GGT	2	6	2351	2356	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	87159846
71	NC_007791	TGT	2	6	2389	2394	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	87159846
72	NC_007791	GCT	2	6	2438	2443	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	87159846
73	NC_007791	TA	3	6	2468	2473	50 %	50 %	0 %	0 %	87159846
74	NC_007791	GAT	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159846
75	NC_007791	GA	3	6	2514	2519	50 %	0 %	50 %	0 %	87159846
76	NC_007791	GAT	2	6	2522	2527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159846
77	NC_007791	TTA	2	6	2528	2533	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159846
78	NC_007791	GAA	2	6	2673	2678	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	87159846
79	NC_007791	TAA	2	6	2698	2703	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159846
80	NC_007791	AGA	2	6	2710	2715	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	87159846
81	NC_007791	A	7	7	2753	2759	100 %	0 %	0 %	0 %	87159846
82	NC_007791	GAACAG	2	12	2780	2791	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	87159846
83	NC_007791	CAA	2	6	2792	2797	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	87159846
84	NC_007791	AAC	2	6	2799	2804	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	87159846
85	NC_007791	TTGG	2	8	2870	2877	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007791	GTTG	2	8	2910	2917	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007791	CAA	2	6	2955	2960	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_007791	GAA	2	6	3022	3027	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007791	AAGT	2	8	3063	3070	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007791	TAG	2	6	3086	3091	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007791	ATA	2	6	3109	3114	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007791	TAAA	2	8	3123	3130	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007791	A	7	7	3128	3134	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007791	TAA	2	6	3176	3181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007791	CAT	2	6	3229	3234	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_007791	A	7	7	3241	3247	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007791	AT	4	8	3311	3318	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007791	T	6	6	3363	3368	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007791	TG	3	6	3473	3478	0 %	50 %	50 %	0 %	87159844
100	NC_007791	TTC	2	6	3598	3603	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	87159844
101	NC_007791	TAAAGC	2	12	3614	3625	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	87159844
102	NC_007791	CAAA	2	8	3709	3716	75 %	0 %	0 %	25 %	87159844
103	NC_007791	ATA	2	6	3753	3758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159844
104	NC_007791	AGATT	2	10	3786	3795	40 %	40 %	20 %	0 %	87159844
105	NC_007791	GAT	2	6	3813	3818	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159844
106	NC_007791	ACT	2	6	3826	3831	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	87159844
107	NC_007791	T	6	6	3865	3870	0 %	100 %	0 %	0 %	87159844
108	NC_007791	GA	3	6	3911	3916	50 %	0 %	50 %	0 %	87159844
109	NC_007791	TTA	2	6	3928	3933	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159844
110	NC_007791	TAA	2	6	3941	3946	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159844
111	NC_007791	AAAG	2	8	3947	3954	75 %	0 %	25 %	0 %	87159844
112	NC_007791	TGG	2	6	4030	4035	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	87159844
113	NC_007791	TGA	2	6	4136	4141	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159844
114	NC_007791	AGA	2	6	4142	4147	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	87159844
115	NC_007791	CGAA	2	8	4249	4256	50 %	0 %	25 %	25 %	87159844
116	NC_007791	ATATTA	2	12	4319	4330	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007791	AT	3	6	4344	4349	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007791	AGG	2	6	4367	4372	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007791	T	7	7	4374	4380	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007791	AAT	2	6	4427	4432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.